常见的有机肥发酵方法有四种:罐式发酵、条状堆叠发酵、高温密闭发酵罐发酵和纳米膜覆盖发酵。

罐式发酵需要建造地上或地下发酵罐。发酵罐两侧隔墙上铺设导轨，罐式翻车机在导轨上行走。同时，该系统还配有换轨机构，实现不同发酵罐之间的转换。罐式发酵具有单次处理能力大、设施设备投资高的特点，适用于规模较大的养殖场。

在堆垛式发酵中不需要建立发酵罐。在硬化处理后的平地上，将粪肥堆放成一定高度和宽度的堆垛。旋转，将自然风从桩两侧送入桩内，提供氧气，实现堆肥发酵。堆垛式发酵设备投资少，堆垛式翻车机形式多样，价格不一。

高温密闭发酵罐发酵是在密闭发酵罐内进行发酵，温度、通风、搅拌均可人为控制。单次处理体积小，适合家禽养殖场使用。